O funcionamento da AGR se dá através de um Conselho Regulador e das Câmaras Setoriais, das quais participam representantes dos usuários, do governo e das operadoras, garantindo igualdade para todas as partes representadas. 

As câmaras setoriais são:

• Câmara Setorial de Transportes de Passageiros
• Câmara Setorial de Energia Elétrica
• Câmara Setorial de Saneamento Básico
• Câmara Setorial de Bens e Serviços Desestatizados